El proyecto, al que se dio luz verde en noviembre de 2001, tardó seis años en iniciar su rodaje, y cuando comenzó lo hizo con estrictas medidas de seguridad y secretismo, tal vez debido a los rumores de que su argumento rondara sobre la teoría de la conspiración. Vuelven los agentes del FBI Fox Mulder y Dana Scally, protagonistas de una de las series más populares de la historia de la televisión, dirigida por el propio creador de la serie, Chris Carter. En esta ocasión, creer será la clave.