Después de pasar años apartados del mundo humano, los hermanos Tortuga se proponen ganarse el corazón de los habitantes de Nueva York y que les acepten como quinceañeros normales, llevando a cabo actos heroicos. Su nueva amiga, April O'Neil, les ayuda a enfrentarse a un misterioso sindicato del crimen, pero pronto se ven superados ante el ataque de un ejército de mutantes que se abalanza sobre ellos.