La señora Brisby es una ratona que vive en el campo junto a sus hijos. Cuando uno de ellos cae gravemente enfermo, Brisby pide ayuda a un grupo de ratas que viven cerca de la granja. Estos animales, liderados por Nicodemus, son los más sabios del bosque y guardan un gran secreto que parece estar relacionado con la familia de la señora Brisby.