Algo está a punto de cambiar para siempre en el Mr. Magoriums Wonder Emporium. El Sr. Magorium, fundador y propietario de esta mágica tienda de juguetes, quiere retirarse y traspasar su tienda a Molly Mahoney, su fiel encargada. Los problemas empiezan cuando la tienda, que tiene vida propia, se rebela contra la nueva situación al darse cuenta de que Mahoney no confía en su propia capacidad para crear magia. Tras la marcha del señor Magorium, y con la tienda a punto de desaparecer para siempre, Mahoney debe encontrar una vía para devolverle la vitalidad a la juguetería mágica, y para ello cuenta con la ayuda de Eric, un niño prodigio, y Henry, el contable de la tienda.