En una isla dañada por la radiación, una expedición entra en contacto por primera vez con un pueblo indígena. Un empresario intenta explotar los recursos de la isla y secuestra a las Shobijin, una especie de hadas japonesas, para llevarlas de vuelta con él a Japón. Pero Mothra, el protector de la isla y de su pueblo, ayudará a liberarlas y regresar con ellas a su patria.