La nueva misión del agente especial Ethan Hunt consiste en impedir que Sean Ambrose, un despiadado exagente convertido en terrorista internacional, se apodere de un virus mortal. Sean planea dispersar el virus por la ciudad de Sidney para que la población se vea obligada a comprar el antivirus que tiene en su poder. Para detenerle, Ethan cuenta de nuevo con la inestimable ayuda del genio informático Luther Stickell, con el experto conductor Billy Baird y con la sensual y exótica ladrona internacional Nhye, que mantuvo una relación sentimental con el terrorista.