Neo, Morpheus, Trinity y el resto de la tripulación continúan en la lucha contra las máquinas que han esclavizado a la raza humana. Ahora más humanos han sido despertados e intentan vivir en el mundo real. A medida que aumentan en número, la batalla se acerca a Sion, la última ciudad real en el mundo y centro de la resistencia humana. Y tiene poco tiempo, muy poco tiempo.