Alex y sus fieles amigos, Marty, Gloria y Melman, ansían volver a casa, a su querido Zoológico del Central Park de Nueva York, y hacen cualquier cosa para conseguirlo. Acompañados por el rey Julien, Maurice y los pingüinos, una nueva aventura lleva a estos héroes a través de Europa. Allí encuentran el escondite perfecto: un circo ambulante que reinventan al más puro estilo de Madagascar junto con una serie de nuevos y encantadores personajes.