En el año 2029 la sociedad está computerizada hasta límites insospechados, es un mundo gobernado por la tecnología. Uno de los mayores avances consiste en unos implantes cerebrales que convierten a los seres humanos en auténticas computadoras andantes. De esta manera, se produce una fusión entre la conciencia y los programas insertados, que dan paso a lo que se conoce como espíritu: un nuevo paso evolutivo que, sin embargo, despersonaliza por completo a las personas. Uno de estos humanos con espíritu incorporado es Motoko Kusanagi, una agente secreta especializada en actividades antiterroristas que tiene como misión cazar a un peligroso pirata informático. Cuando descubre su verdadera identidad, su vida y todo lo que conoce cambia para siempre.