Han pasado 14 años desde el Tercer Impacto. Todo el personal original de NERV, a excepción de Gendo y Fuyutsuki, ha comenzado una organización llamada Will-E. Su pretexto público es que busca restaurar el océano a su color azul. Sin embargo, su verdadera misión es prevenir que GendoIkari provoque el Cuarto Impacto. Para esto utiliza la Fortaleza Voladora Wunder.