Cuando el querido abuelo de Jake le deja pistas para descifrar un misterio que traspasa mundos y épocas diferentes, descubre un lugar mágico conocido como el hogar de Miss Peregrine para niños peculiares. Pero el misterio y el peligro se intensifican cuando conoce a los residentes y descubre sus poderes especiales, así como a sus terroríficos enemigos. Finalmente, Jake descubre que su única peculiaridad es poder salvar a sus nuevos amigos.