Su gran talento como marionetista no le permite a Craig ganarse la vida, de manera que acepta un trabajo de oficinista en un peculiar edificio. Allí descubrirá una pequeña puerta secreta que le lleva hasta la mente del mismísimo John Malkovich, un famoso actor que no parece darse cuenta de que hay un intruso en su cabeza. Craig aprovecha esta oportunidad para cambiar su mediocre vida.